“三元”一词，其源于古，《晋书•符坚载记下》“上元从人皇起，至中元，穷于下元，天地一变，尽三元而止。”《唐方典•卷四》“道教有三元，正月十五日为上元，七月十五日为中元，十月十五日为下元。”道土也有三元斋，正月十五为上元天官斋，七月十五为中元地官斋，十月十五为下元水官斋。”
术数家的三元，以三个六十甲子为三元，第一个六十子为上元，第二个六十甲子为中元，第三个六十甲子为下元。第四个六十甲子又为上元，周而复始，以一百八十甲子为三元。
五代徐子平所创《
四柱算命术》，其中有“三元合婚”。《宋史•艺文志》载有许多的术数书图，其中也有《五音三元宅经》一卷，原书无法找到，顾名思义是以姓音配三元六十甲子论吉凶。
所谓三元九运，是把上中下的三元甲子，分为九个运程，上元甲子为一二三运，中元甲子为四五六运，下元甲子为七八九运，每个运程二十年，三元九运共为一百八十年。第一个上元甲子从明•弘治十七年，即公元1504甲子年起逄：
第一个上元，自明弘治十七年至明嘉庆四十三年
（1504—1563）
中元，自嘉庆四十四年至天启三年
（1564—1623）
下元，自天启四年至清•庚熙二十二年
（1624—1683）
第二个上元，自清康熙二十三年至乾隆八年
（1684—1743）
中元，自乾隆九年至嘉庆八年
（1744—1803）
下元，自乾隆九年至同治二年
（1804—1863）
第三个上元，自同治三年至民国二十二年
（1864—1923）
中元，自民国二十三年至共和1983年）
（1924—1983）
下元，自1984年—2043年。
九运：
上元一运，自甲子年至癸未
二运，自甲申年至癸卯
三运，自甲辰年至癸亥
中元四运，自甲子年至癸未
五运，自甲申年至癸卯
六运，自甲辰年至癸亥
下元七运，自甲子年至癸未
八运，自甲申年至癸卯
九运，自甲辰年至癸亥
简化为，一四七运，自甲子至癸未，
二五八运，自甲申至癸卯，
三六九运，自甲辰至癸亥。
三元创立时期是土圭时期，故其甲子应起于天盘壬中。
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